企业初次申办水污染防治乙级资质时，可能会遇到以下一些难点：

人员配置达标难：乙级资质要求企业拥有一支具备特定专业背景和资质的技术团队，包括注册工程师、环保高级工程师、中级工程师等。对于新企业或小企业而言，短期内聚集这样一支高素质的专业团队可能较为困难。

业绩证明缺失：初次申请可能没有足够的设计业绩证明，而某些资质要求企业需展示以往完成的项目经验，尤其是成功实施并得到认可的水污染防治工程案例。

资料准备繁琐：资质申请涉及大量文件准备，包括企业基本信息、技术人员资质证书、项目合同、验收报告、管理体系文件等，准备过程繁琐且要求细致，容易出现遗漏或不符合要求的情况。

管理体系构建：建立和完善符合资质要求的质量管理体系、项目管理体系等，需要时间和专业知识，对新企业来说可能是一个挑战。

政策理解不透彻：环保行业相关政策、标准及资质申请的具体要求经常更新，企业可能因对最新政策理解不够深入，导致申请过程中出现偏差或误解。

资金投入压力：虽然乙级资质相比甲级对注册资本的要求相对较低，但维持专业团队、购买必要的检验设备、完成前期项目等仍需要一定的资金支持，对于初创企业或资金链紧张的企业是一大负担。

审批流程复杂：资质申请审批流程可能较为复杂，包括多层级的审核、可能的现场勘查、补充材料等环节，整个过程耗时较长，需要企业有足够的耐心和应对能力。

市场竞争激烈：随着环保行业的快速发展，越来越多的企业进入该领域，使得资质申请的竞争更加激烈，特别是对于热门的水污染防治方向。

针对这些难点，企业需要提前规划，做好充分的准备工作，可能还需借助外部咨询机构的帮助，以提高资质申请的成功率。

---