个人亲子鉴定与司法亲子鉴定关系在亲子鉴定的程序、用途、使用效果等方面存在着明显的差异。

不同之处：鉴定过程不同。

个人亲子鉴定又称隐私亲子鉴定，既可实名申请，也可匿名申请；鉴定检材可直接送交鉴定中心或邮寄至鉴定中心；

司法亲子鉴定要实名申请，要带本人身份证，户口本到司法鉴定所现场采集血样，现场拍下指纹，按捺指纹。

不同之处：材料种类要求不同。

个别亲子鉴定检材无要求，只要能提取DNA的检材就可作为检测样本，如血液、血痕、血斑、头发、口腔拭子、指甲、牙刷、烟蒂、精液、口香糖等；

法院亲子鉴定必须采集血液，而不能使用其它检测材料。

不同之处：亲子鉴定报告书的效力不同。

个体亲子鉴定不具有司法效力，个体亲子鉴定报告只能是给自己一份结果，不能用于处理任何事情；

司法亲子鉴定报告具有司法效力，可用于打官司、上户口、迁居、留学、移民、阅读、继承财产、处理出生证明等。

不同之处：亲子鉴定结果查询方式不同。

个别亲子鉴定的结果是不可查询的，个人亲子鉴定只对委托人负责，只有委托人可以查询，其他人员不能查询。

司法亲子鉴定结果可查询，只要有鉴定报告书的编号，就可致电司法鉴定所询问鉴定结果。