慢性结肠炎的病因复杂，常见的病因是非特异性结肠炎，如肠易激综合征、炎症性肠病、肠菌群失调、小肠吸收不良等。一般认为和感染、免疫遗传、环境、食物过敏、防御功能障碍及精神因素有关。
1.过敏因素
过敏性病变，受个体差异影响。主要是肠道性过敏，偶尔也累及皮肤。有些人对鱼类、虾、蟹、牛乳等高蛋白食物产生过敏，这些异体蛋白进入人体产生大量的组胺物质，引发过敏性反应。过敏性反应，是受致敏物质刺激，自身免疫引起的反应，激发大量免疫细胞凝聚、均集结在消化道黏膜表面，从而引起黏膜表面水肿、充血及渗液等炎症发生。
2.感染因素
一般认为都与感染有关，每当发病时，使用抗生素都能有不同程度控制病情和治疗的效果，说明该病有致病菌的作用。
3.滥用抗生素
滥用抗生素，导致肠道菌群失调，或出现耐抗生素菌株而引起的肠炎。
1.慢性腹泻
腹泻程度轻重不一，轻者每日排便3～4次，或腹泻便秘交替出现；重者可每1～2小时一次。部分患者可有夜间腹泻和（或）餐后腹泻。直肠严重受累时，可出现里急后重感。粪质多呈糊状，混有大量黏液，甚至带脓血。
2.反复腹痛
腹痛多为慢性，时轻时重，有时腹痛先于腹泻，有时伴有发热、恶心、腹胀、食欲减退等症状，腹痛可为脐周或左下腹。
3.其他表现
偶尔表现为关节炎，虹膜睫状体炎，肝功能障碍和皮肤病变。由于长期发作，患者往往表现为体重减轻和面色苍白，在疾病活动期腹部检查时结肠部位常有触痛。可能有急腹症征象伴发热和肠鸣音减少的现象，在急性发作或暴发型病例中尤为明显。
